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但毫无疑问其尸身一定是被运回蒙古，葬于蓝天白云之下的绿色大草原上。
留下了一个谜“诸将奉柩归蒙古，不欲汗之死讯为人所知，护柩之士卒在此长途中遇人尽杀之。至怯绿连河源成吉思汗之大斡耳朵始发丧……”至于葬在何处，还有一个美丽的传说。传说成吉思汗率领蒙古大军进攻西夏途中，路过一处叫起辇谷的地方，见这里天高云阔，绿海无边，不禁被这迷人的景色所陶醉，对侍从说道：“这儿做我的墓地不错！”于是死后人们便将他葬在了这里。至于此地究竟在哪里，因无墓冢标志，又无史册记载，所以争议颇多。
有人说，成吉思汗的葬地在不儿罕合勒敦山。出使草原的南末使者徐霆记道：“霆见忒没真墓在泸沟河之侧，山水环绕。相传忒没真生于此，故死葬于此，未知果否。”《元史》记载成吉思汗“葬起辇谷”，史学家多赞同此说。据亦邻真考证，“起辇谷”是《蒙古秘史》中的“古连勒古”的译写，而“古连勒古”正在不儿罕合勒敦山南，具体说应在今蒙古国肯特省曾克尔满达勒一带。
为什么成吉思汗陵会有如此多的地方？虽然墓穴不知详细所在，但墓园之地甚是广大，为何史书也不能明确记之呢？
后世子孙继承前制自成吉思汗开始，窝阔台汗、贵由汗、蒙哥汗及拖雷汗等人，都埋葬在起辇谷，并且遵从成吉思汗死后的葬仪。蒙古统治者便有了自己专门的陵地，这块陵地，在元代文献中被称为“起辇谷”，是皇室成员的专用陵地，有守墓人守护。除此之外其保密措施还得益于以下几个方面：如拿忽必烈及以后的元代皇帝死后归葬起辇谷的记载来看，元代皇帝死后仍然按照蒙古旧俗行事。
王恽曾详细记述了元皇帝的归葬仪式“至元三十一年（公元1294年）岁次甲午，帝崩于大内紫檀殿，既殓，殡于肖墙之帐殿，从国礼也。越三日乙亥寅刻，灵驾发引，由建德门出，次近效北苑。有顷，祖奠毕，百官长号而退”。从中可以看出汉人官僚不能参加蒙古皇帝的丧葬仪式，所以将灵驾送到大都建德门外就必须止步了。等棺木“至所葬陵地，其开穴所起之土成块，依次排列之。棺既下，复依次掩覆之。其有剩土，则远置他所。送葬官员，居五里外”。在元皇帝下葬时，连蒙古贵族都要避之五里之外，并且“往葬日，遇行路人，尽杀殉葬”，避免了外人泄密。
“八百室”
蒙古帝王如此深埋之，不留痕迹，难怪后世之人不能寻到。但史书记载元皇帝都葬于同一地方起辇谷，既然无人可知道先帝之陵寝，后人又怎能找到并归葬于此呢？据《黑鞑事略》和《草木子》说：“其墓无冢”，葬后“以马践踏，使如平地”，然后“杀骆驼子其上，欲祭时，则以所杀骆驼之母为导，视其踯躅悲鸣处，则知葬所矣。”然而，时间一长，母骆驼也难以识别了。
《史集》记成吉思汗葬后，“讣闻传到远近地区时，后妃、诸王奔驰多日从四面八方来到那里悼死者。”他们是到成吉思汗坟上哀悼的吗？不是，他们是在成吉思汗的四大斡耳朵（宫帐）里为死者举哀的，谁也不能接近墓地。因为成吉思汗的墓地已成为草原上的“大禁地”，蒙古语为“也可忽鲁黑”，有专人守护。“忒没真之墓，则插矢以为垣，逻骑以为卫”。后来为了保密，也为了方便祭祀，便设立了象征成吉思汗灵寝的“八白室”（八个白色帐篷），渐渐地后人便把“八白室”所在地当成了成吉思汗的陵园。
随着蒙古族政治中心的变动，“八白室”辗转大漠南北，清初移至伊金霍洛，伊金霍洛的蒙古意思是“主人的陵园”，在鄂尔多斯的蒙古人民心中，伊金霍洛便成了成吉思汗的安葬地。现存明代、清代成吉思汗陵旧址各一处。公元1939年，为避日寇和蒙古汉奸的劫持，“八白室”曾先后转移至甘肃（公元1939年—公元1949年）、青海（公元1949年—公元1954年），今有甘肃兴隆山大佛寺纪念堂旧址、青海塔尔寺排家尕哇纪念堂旧址。新中国成立后，经中共中央批准，“八白室”于公元1954年从塔尔寺迎回到鄂尔多斯草原，公元1956年建成现在供游人参观膜拜的成吉思汗陵。兄弟争位历朝历代的帝王之后无不对最高统治者的地位垂涎三尺，成吉思汗的后人也不能免俗。
决定传位成吉思汗临终之前，钦定三子窝阔台为汗，但成吉思汗老了（死了，蒙语之讳语）以后，汗的宝座却长达二年空缺，一直由幼子拖雷监国摄政，为什么会出现这样的情况？成吉思汗究竟将汗位传给了谁呢？拖雷敢违抗成吉思汗的遗命而同窝阔台争夺汗位吗？
当年，成吉思汗西征之时，已是花甲之岁的老人。也遂妃担心后嗣未定，成吉思汗征战途中万一有所不测，恐怕会国内大乱，天下大乱，于是向成吉思汗建议道：“合罕越高岭渡大水，所以出征长行者，唯思平定诸国矣。然风有生，万物皆无常也。若汝似大树之躯骤倾，则将似绩麻之百姓，其委之与谁乎？若汝似聚今之百姓，其委之与谁乎？所生英杰之四子中，其委之与谁乎？”
因成吉思汗是自己打的天下，没有考虑到选定汗位后嗣的问题，且“未尝有遭死之事”而忽略了这件大事。
今经汗妃也遂一提醒，觉得也是时候了，于是在呼日勒会议上提出了这个敏感的话题。
立储风波成吉思汗意定三子窝阔台为汗，而哈敦（皇后）孛尔帖所生的另外三子，长子术赤、次子察合台、四子拖雷为此大吵起来。术赤与拖雷一党，察合台与窝阔台一党，争得不可开交，察合台与术赤之间简直就要爆发一场决斗。后经成吉思汗和大臣们的劝解，争吵暂告平息。
成吉思汗以古老的“折箭训子”的故事和五头蛇冻死，一头蛇却能钻进洞中保命的故事来教育四个儿子要团结，并最终确立窝阔台为汗。临终遗嘱明确说：“吾殆至寿终时矣，我为汝等创此基业，无论东西南北，自此首往彼首，皆有一岁期程。我遗命无他，汝等欲能御敌，多得民人，必合众心为一心，方可长享国祚。我死后汝等奉窝阔台为主……”他并要诸子立下文书，保证在他死后不许改变窝阔台为汗的决定。
但是，成吉思汗的遗嘱虽起到了直接作用，由于汗位继承的规矩和蒙古“幼子守产”的制度，从而使窝阔台登上汗位也是困难重重。不管从哪个角度说，窝阔台坐上汗位是不会一帆风顺的。拖雷也不会轻易让本应属于自己的汗位落入别人之手，他一定会阻挠并伺机争夺的。
拖雷幼子守产蒙古人素有“幼子守产”的风俗，即蒙古人的家产继承法。当父亲在世时，年长一些的儿子们就各自分得一份家产（包括牲畜、奴婢和属民等），从此分家立业。余下的家产及父亲的营帐等全归长妻所生的幼子继承，这就是“幼子守产”的风俗。整个大蒙古帝国也是成吉思汗的家产，也要按这一原则分配。而且根据蒙古草原习惯，正妻所生的长子与幼子有优先继承权，因而成吉思汗立三子窝阔台为汗，术赤与拖雷怎能不有怨言。
长子术赤因孛尔帖被抢，夺回后不久即生产，被人怀疑不是成吉思汗的亲儿子，所以汗位难以定他。但拖雷是成吉思汗最宠爱的儿子，征战时必携与俱，并亲呢地称其为那可儿（伴当），但汗位的继承权却没落到拖雷头上，拖雷应是最愤怒的。当然成吉思汗心中也是觉得有点对不住拖雷，这从他分配给儿子们的职务与领地上就可看得出来。
波斯史学家志费尼在《世界征服者史》中说，成吉思汗根据四个儿子的才能，给他们安排了不同的职掌：长子术赤管狩猎，次子察合台掌法令，三子窝阔台主朝政，四子拖雷统领军队。
另一位波斯史学家拉施特在《史集》中也曾记道，成吉思汗考查了诸子才能之后，给了他们相适宜的职务。但对汗位的安排，有所犹豫，时而想到气度恢弘、宽厚明达的三子，时而又想到勇敢善战、有勇有谋的幼子。经过再三权衡，说道：“王位和国家的事是桩困难的事，让窝阔台去治理吧。我的禹儿惕（宫帐）和家室，及军队、财宝等，都交给拖雷管。”并且拖雷的领土分的是“帝国的中心”——蒙古本土，足可见成吉思汗对幼子的愧疚之心。
在成吉思汗时代，拖雷便有也可那颜（大官人）的称呼，在许多人心目中拖雷才是未来汗位的继承人。窝阔台的当选，拖雷内心一定是反对的，且拖雷分掌军队，成吉思汗死后，一定会发生宫廷争权斗争，呼日勒大会上的争吵便露出了这种苗头。
大忽里勒台会阻碍窝阔台登上汗位的另一个原因是汗位的继承制度——汗必须由家族成员、高级将领、贵族参加的大忽里勒台会上被众人推举出来，才算正式而合法地坐上汗位。因为这一规定，窝阔台不能只依据成吉思汗的遗命继位，古代瓷器而要等大忽里勒台的最后决定。在汗位空缺的两年里（成吉思汗去世到大忽里勒台召开），由拖雷以幼子的身份监国摄政。
波斯史学家载：公元1229年举行的大忽里勒台会议是欢乐与团结的，宗王们一致同意成吉思汗的遗命，推举窝阔台为汗。但汉文史料里大会却不是风平浪静的。
《元史》之《耶律楚材传》中曾记拖雷以“事犹未集，别择日可乎？”企图把大忽里勒台的日期延后。又据李微朋《耶律楚材墓志》记，大忽里勒台的原定结束日期为公元1229年8月24日，但至22日“尚犹豫不决”。忽里勒台一般为40天，三天狂欢，以后开始商议，这个会议整整讨论了35天还未定下，显然，宗王们并不是一致拥立窝阔台的。
会上有争议，窝阔台的对手必然是拖雷。窝阔台谦让的话里包含了问题的实质：“虽则成吉思汗遗诏在此，然尚有我的兄长和叔伯，他们比我更胜此任。再者，遵照蒙古风俗，长室之幼儿为父亲继承人，而兀鲁黑那颜（拖雷）是长斡耳朵（宫帐）的幼子，始终日夜晨昏侍成吉思汗，耳闻目睹和熟悉他所有的律令。这些人都健在，我怎能继承汗位呢？”一言道出拖雷的对抗地位。
明争暗斗拖雷监国两年，也不会轻易交出大权。但史书中却载拖雷尽心尽力扶窝阔台登上汗位，此不与争斗的行为，得到人们的普遍赞扬。然事实绝非如此。只因当时术赤已死，拖雷一人无法与察合台、窝阔台争斗，势孤不能取胜。时间紧迫，拖雷也只好采取暂且退让的策略，转而支持窝阔台，使斗争真相被遮盖起来，并获得个好名声。
但窝阔台又怎能不心知肚明呢，在他登汗位不久，拖雷便不明不白死去了，窝阔台有没有动手脚，天知道。两个人的矛盾，转化为两派的斗争。拖雷未得推立，在术赤与拖雷两系产生了深刻不满，两系的后人始终认为，汗位应属拖雷，他们的斗争更明朗化。
没有明确的继承制度，各个儿子又手握重兵，各踞一方，成吉思汗无疑没有为后代留下一个明确的答案。元朝的短命，皇权争夺，子孙不团结，无疑是成吉思汗最不愿又不得不看到的局面。堪称有为的窝阔台史书上说窝阔台以庄严、聪明、能干、善断、谨慎、坚定、老成持重、宽宏大量、公正著称。
自评功过窝阔台对自己的功过有过一番评价，他曾说：“继承父亲大业后，我做了四件好事：第一，征服了金国，讨平了中原的百姓；第二，在各地设立驿站，沟通了东西南北的交通，便利了使臣往来和运输物品；第三，在干旱的地区掘井，使百姓获得丰美的水草；第四，在各城池派军队镇守，使百姓安居乐业。
“继承父亲的大业后，我也有对不起百姓的地方：第一，我嗜酒如命，整日沉湎于葡萄美酒；（后来果然死于酗酒。）第二，我曾强夺叔父斡惕赤斤部落的女子，愧对叔父；（史载：窝阔台曾命该部落七岁以上的姑娘和少妇4000人聚集一处，当着她们的父兄丈夫，列为两行，自选最美的纳入宫中，其次赏给诸臣，再次的交给妓院。挑剩的任凭在场的士卒蹂躏。）第三，暗害了功臣朵忽鲁。他曾为我父亲效力，我却杀了他，如今悔之莫及；第四，我贪图天地所生的野兽，为防野兽跑到兄弟的领地，立寨筑墙加以阻拦，招来兄弟的怨言，这也是我的过错。继承父亲汗位后我做了这四件好事，犯了这四大过错。”
窝阔台自述有四功四过，作为皇帝有这样的态度也算难能可贵了。但《元史·太宗纪》对他的评价却是“举无过事”，意思说他从来没干过坏事。这显然是封建史家的阿谀之词。金无足赤，人无完人，古今中外，岂有例外？
宽厚的一面当时蒙古人的习俗规定，在春天和夏天，任何人都不能在光天化日之下置身水中，不在河中洗手，不用金银器汲水，也不把湿衣服铺在草原上。因为他们认为这样会引来雷击。这不难理解，在科学还很落后的古代，草原上的电闪雷鸣的确是够吓人的。
有一次，窝阔台和二哥察合台一起外出打猎，看到一个人在池塘里洗澡。严守习俗的察合台要立刻杀了那人。窝阔台说：“现在没时间，我们已经很累了，让卫士今晚先把他看守起来，明天再审讯处死吧。”趁察合台不注意，他把一枚银币丢入池塘，私下关照那个违禁的人在审讯时说：我是一个穷人，我的钱掉到水里去了，我下水是想把它捞起来。第二天审讯时，那人就这样说了。派人到池塘去打捞，果真找到了银币。窝阔台说：“谁有胆量敢违反禁令呢？要知道这个不幸的人是为了这点小钱而冒险下水的啊。”于是那人在保证今后决不重犯后被宽恕了，窝阔台还赏了他十个银币。
从这件小事可以看出窝阔台确实比较开明，因此也颇得人心。愚蠢的国王以杀人来树立自己的威势，聪明的君主则反其道而行之。
慷慨的大汗成吉思汗生前对他几个儿子有过一番评价，他说：“想要精通礼俗、规矩、律法的人，就到察合台处去。追求勇敢、荣誉、武功的人，就去效力于拖雷。喜好慷慨大度和想发财致富的人可去亲近窝阔台。”史书上确实记载了不少窝阔台慷慨施舍的轶事。
有一次，窝阔台走过集市，小铺里的蜜枣散发出诱人的香味。他很想尝一尝，回到宫里就吩咐侍卫官去买那个小铺的蜜枣。侍卫买回一盘蜜枣，窝阔台一边品尝，一边问道：“付了多少钱？”侍卫道：“付了一两银子。”窝阔台说：“这么好吃的蜜枣，一两银子太少了。”侍卫说：“我所给的已经超过它们的价值十倍了。”窝阔台把他痛骂一顿说道：“在店主的一生中，什么时候他还能碰得上像我们这样的买主呢？”他命令侍卫立刻再送十倍的银子给店主。
有个穷人用羚羊角做了一只大杯子，坐在窝阔台的出行之处。当窝阔台走过来时，他站起来献上杯子。窝阔台收了下来，并吩咐侍从给他50两银子。一个极普通的杯子，居然要给这么重的赏金，侍从怀疑自己是否听错了，就又问了一下。窝阔台生气地说：“对你们说过多少次，不要回驳我的赏赐，也不要对穷人吝惜我的财富！如今我就要和你们作对，快给他一百两银子吧。”
中亚某国曾将一条用宝石镶嵌的金腰带献给窝阔台，他十分喜欢，平时经常佩带。有一次金腰带的扣子坏了，就把它交给工匠修理。工匠私下把腰带卖了，却总是推托还没修好。最后把他抓起来严加审讯，他才承认已卖钱花掉了。工匠被投入死牢，窝阔台知道真相后说：“虽然这也是一桩大罪，但做出这样的事来，正证明他极端穷困、无路可走，给他150两银子，让他重新做人，今后不许重犯。”工匠做梦也想不到居然因祸得福，自然是感激涕零，逢人便称颂大汗的宽宏大量。
一个贫穷的伊斯兰教徒向一个官员借了四两银子的债，但无力偿还。那个官员便把他抓去审问，威胁如三天之内不还清债，就要逼迫他改信基督教，并要把他脱光了在市场上打一百棍。穷人急中生智，跪在大汗的宫前告御状。窝阔台赏给他一百两银子，下令把债主抓来，把他的妻子和房屋判给穷人，还把债主脱光了在市场上打了一百棍。看热闹的穷人无不拍手叫好。
赢得身后名在财富和名声之间，窝阔台似乎更看重后者，他曾说：“热衷于聚财的人是缺乏理智的，钱财的好处有限，人无不死，纵然有金山银山，死后又有何益？人又不能从彼世回来，所以我们要把真正的宝藏保存在心中，把尘世的财富散发给臣民，使美名远扬。”
窝阔台确实是够慷慨的，不过对他这样的一国之主来说，这些赏金不过是九牛一毛。何况羊毛出在羊身上，国库里的钱财本来就是从百姓头上刮来的。出格的施舍毕竟起到了广告效应，为大汗买来了好名声。蒙古西征的继续成吉思汗的子孙继承了其骁勇善战的品质，又开始了新一轮的开疆拓土。
诸子分得领地第一次西征大胜以后，成吉思汗把占领地区作为“兀鲁思”（汗国封建领地），分封绐他三个儿子。
长子术赤封于钦察、花剌子模及康里国故地，（今成海以西，里海以北之地皆属之。）术赤比成吉思汗早死，这一封地归于其子拔都。
次子察合台封于西辽及畏兀故地，东起阿尔泰山，西至阿姆河，包括新疆天山南北路等地，后来称为察合台汗国。
三子窝阔台封于乃蛮故地，令鄂毕河上游以西至巴尔喀什湖以东一带均属之，后来被称为窝阔台汗国。依照蒙古惯例，在成吉思汗死后，幼子拖雷获得其父的直接领地，即斡难古代风景画鉴赏河及客鲁连河流域一带蒙古本部地方。
但毫无疑问其尸身一定是被运回蒙古，葬于蓝天白云之下的绿色大草原上。
留下了一个谜“诸将奉柩归蒙古，不欲汗之死讯为人所知，护柩之士卒在此长途中遇人尽杀之。至怯绿连河源成吉思汗之大斡耳朵始发丧……”至于葬在何处，还有一个美丽的传说。传说成吉思汗率领蒙古大军进攻西夏途中，路过一处叫起辇谷的地方，见这里天高云阔，绿海无边，不禁被这迷人的景色所陶醉，对侍从说道：“这儿做我的墓地不错！”于是死后人们便将他葬在了这里。至于此地究竟在哪里，因无墓冢标志，又无史册记载，所以争议颇多。
有人说，成吉思汗的葬地在不儿罕合勒敦山。出使草原的南末使者徐霆记道：“霆见忒没真墓在泸沟河之侧，山水环绕。相传忒没真生于此，故死葬于此，未知果否。”《元史》记载成吉思汗“葬起辇谷”，史学家多赞同此说。据亦邻真考证，“起辇谷”是《蒙古秘史》中的“古连勒古”的译写，而“古连勒古”正在不儿罕合勒敦山南，具体说应在今蒙古国肯特省曾克尔满达勒一带。
为什么成吉思汗陵会有如此多的地方？虽然墓穴不知详细所在，但墓园之地甚是广大，为何史书也不能明确记之呢？
后世子孙继承前制自成吉思汗开始，窝阔台汗、贵由汗、蒙哥汗及拖雷汗等人，都埋葬在起辇谷，并且遵从成吉思汗死后的葬仪。蒙古统治者便有了自己专门的陵地，这块陵地，在元代文献中被称为“起辇谷”，是皇室成员的专用陵地，有守墓人守护。除此之外其保密措施还得益于以下几个方面：如拿忽必烈及以后的元代皇帝死后归葬起辇谷的记载来看，元代皇帝死后仍然按照蒙古旧俗行事。
王恽曾详细记述了元皇帝的归葬仪式“至元三十一年（公元1294年）岁次甲午，帝崩于大内紫檀殿，既殓，殡于肖墙之帐殿，从国礼也。越三日乙亥寅刻，灵驾发引，由建德门出，次近效北苑。有顷，祖奠毕，百官长号而退”。从中可以看出汉人官僚不能参加蒙古皇帝的丧葬仪式，所以将灵驾送到大都建德门外就必须止步了。等棺木“至所葬陵地，其开穴所起之土成块，依次排列之。棺既下，复依次掩覆之。其有剩土，则远置他所。送葬官员，居五里外”。在元皇帝下葬时，连蒙古贵族都要避之五里之外，并且“往葬日，遇行路人，尽杀殉葬”，避免了外人泄密。
“八百室”
蒙古帝王如此深埋之，不留痕迹，难怪后世之人不能寻到。但史书记载元皇帝都葬于同一地方起辇谷，既然无人可知道先帝之陵寝，后人又怎能找到并归葬于此呢？据《黑鞑事略》和《草木子》说：“其墓无冢”，葬后“以马践踏，使如平地”，然后“杀骆驼子其上，欲祭时，则以所杀骆驼之母为导，视其踯躅悲鸣处，则知葬所矣。”然而，时间一长，母骆驼也难以识别了。
《史集》记成吉思汗葬后，“讣闻传到远近地区时，后妃、诸王奔驰多日从四面八方来到那里悼死者。”他们是到成吉思汗坟上哀悼的吗？不是，他们是在成吉思汗的四大斡耳朵（宫帐）里为死者举哀的，谁也不能接近墓地。因为成吉思汗的墓地已成为草原上的“大禁地”，蒙古语为“也可忽鲁黑”，有专人守护。“忒没真之墓，则插矢以为垣，逻骑以为卫”。后来为了保密，也为了方便祭祀，便设立了象征成吉思汗灵寝的“八白室”（八个白色帐篷），渐渐地后人便把“八白室”所在地当成了成吉思汗的陵园。
随着蒙古族政治中心的变动，“八白室”辗转大漠南北，清初移至伊金霍洛，伊金霍洛的蒙古意思是“主人的陵园”，在鄂尔多斯的蒙古人民心中，伊金霍洛便成了成吉思汗的安葬地。现存明代、清代成吉思汗陵旧址各一处。公元1939年，为避日寇和蒙古汉奸的劫持，“八白室”曾先后转移至甘肃（公元1939年—公元1949年）、青海（公元1949年—公元1954年），今有甘肃兴隆山大佛寺纪念堂旧址、青海塔尔寺排家尕哇纪念堂旧址。新中国成立后，经中共中央批准，“八白室”于公元1954年从塔尔寺迎回到鄂尔多斯草原，公元1956年建成现在供游人参观膜拜的成吉思汗陵。兄弟争位历朝历代的帝王之后无不对最高统治者的地位垂涎三尺，成吉思汗的后人也不能免俗。
决定传位成吉思汗临终之前，钦定三子窝阔台为汗，但成吉思汗老了（死了，蒙语之讳语）以后，汗的宝座却长达二年空缺，一直由幼子拖雷监国摄政，为什么会出现这样的情况？成吉思汗究竟将汗位传给了谁呢？拖雷敢违抗成吉思汗的遗命而同窝阔台争夺汗位吗？
当年，成吉思汗西征之时，已是花甲之岁的老人。也遂妃担心后嗣未定，成吉思汗征战途中万一有所不测，恐怕会国内大乱，天下大乱，于是向成吉思汗建议道：“合罕越高岭渡大水，所以出征长行者，唯思平定诸国矣。然风有生，万物皆无常也。若汝似大树之躯骤倾，则将似绩麻之百姓，其委之与谁乎？若汝似聚今之百姓，其委之与谁乎？所生英杰之四子中，其委之与谁乎？”
因成吉思汗是自己打的天下，没有考虑到选定汗位后嗣的问题，且“未尝有遭死之事”而忽略了这件大事。
今经汗妃也遂一提醒，觉得也是时候了，于是在呼日勒会议上提出了这个敏感的话题。
立储风波成吉思汗意定三子窝阔台为汗，而哈敦（皇后）孛尔帖所生的另外三子，长子术赤、次子察合台、四子拖雷为此大吵起来。术赤与拖雷一党，察合台与窝阔台一党，争得不可开交，察合台与术赤之间简直就要爆发一场决斗。后经成吉思汗和大臣们的劝解，争吵暂告平息。
成吉思汗以古老的“折箭训子”的故事和五头蛇冻死，一头蛇却能钻进洞中保命的故事来教育四个儿子要团结，并最终确立窝阔台为汗。临终遗嘱明确说：“吾殆至寿终时矣，我为汝等创此基业，无论东西南北，自此首往彼首，皆有一岁期程。我遗命无他，汝等欲能御敌，多得民人，必合众心为一心，方可长享国祚。我死后汝等奉窝阔台为主……”他并要诸子立下文书，保证在他死后不许改变窝阔台为汗的决定。
但是，成吉思汗的遗嘱虽起到了直接作用，由于汗位继承的规矩和蒙古“幼子守产”的制度，从而使窝阔台登上汗位也是困难重重。不管从哪个角度说，窝阔台坐上汗位是不会一帆风顺的。拖雷也不会轻易让本应属于自己的汗位落入别人之手，他一定会阻挠并伺机争夺的。
拖雷幼子守产蒙古人素有“幼子守产”的风俗，即蒙古人的家产继承法。当父亲在世时，年长一些的儿子们就各自分得一份家产（包括牲畜、奴婢和属民等），从此分家立业。余下的家产及父亲的营帐等全归长妻所生的幼子继承，这就是“幼子守产”的风俗。整个大蒙古帝国也是成吉思汗的家产，也要按这一原则分配。而且根据蒙古草原习惯，正妻所生的长子与幼子有优先继承权，因而成吉思汗立三子窝阔台为汗，术赤与拖雷怎能不有怨言。
长子术赤因孛尔帖被抢，夺回后不久即生产，被人怀疑不是成吉思汗的亲儿子，所以汗位难以定他。但拖雷是成吉思汗最宠爱的儿子，征战时必携与俱，并亲呢地称其为那可儿（伴当），但汗位的继承权却没落到拖雷头上，拖雷应是最愤怒的。当然成吉思汗心中也是觉得有点对不住拖雷，这从他分配给儿子们的职务与领地上就可看得出来。
波斯史学家志费尼在《世界征服者史》中说，成吉思汗根据四个儿子的才能，给他们安排了不同的职掌：长子术赤管狩猎，次子察合台掌法令，三子窝阔台主朝政，四子拖雷统领军队。
另一位波斯史学家拉施特在《史集》中也曾记道，成吉思汗考查了诸子才能之后，给了他们相适宜的职务。但对汗位的安排，有所犹豫，时而想到气度恢弘、宽厚明达的三子，时而又想到勇敢善战、有勇有谋的幼子。经过再三权衡，说道：“王位和国家的事是桩困难的事，让窝阔台去治理吧。我的禹儿惕（宫帐）和家室，及军队、财宝等，都交给拖雷管。”并且拖雷的领土分的是“帝国的中心”——蒙古本土，足可见成吉思汗对幼子的愧疚之心。
在成吉思汗时代，拖雷便有也可那颜（大官人）的称呼，在许多人心目中拖雷才是未来汗位的继承人。窝阔台的当选，拖雷内心一定是反对的，且拖雷分掌军队，成吉思汗死后，一定会发生宫廷争权斗争，呼日勒大会上的争吵便露出了这种苗头。
大忽里勒台会阻碍窝阔台登上汗位的另一个原因是汗位的继承制度——汗必须由家族成员、高级将领、贵族参加的大忽里勒台会上被众人推举出来，才算正式而合法地坐上汗位。因为这一规定，窝阔台不能只依据成吉思汗的遗命继位，古代瓷器而要等大忽里勒台的最后决定。在汗位空缺的两年里（成吉思汗去世到大忽里勒台召开），由拖雷以幼子的身份监国摄政。
波斯史学家载：公元1229年举行的大忽里勒台会议是欢乐与团结的，宗王们一致同意成吉思汗的遗命，推举窝阔台为汗。但汉文史料里大会却不是风平浪静的。
《元史》之《耶律楚材传》中曾记拖雷以“事犹未集，别择日可乎？”企图把大忽里勒台的日期延后。又据李微朋《耶律楚材墓志》记，大忽里勒台的原定结束日期为公元1229年8月24日，但至22日“尚犹豫不决”。忽里勒台一般为40天，三天狂欢，以后开始商议，这个会议整整讨论了35天还未定下，显然，宗王们并不是一致拥立窝阔台的。
会上有争议，窝阔台的对手必然是拖雷。窝阔台谦让的话里包含了问题的实质：“虽则成吉思汗遗诏在此，然尚有我的兄长和叔伯，他们比我更胜此任。再者，遵照蒙古风俗，长室之幼儿为父亲继承人，而兀鲁黑那颜（拖雷）是长斡耳朵（宫帐）的幼子，始终日夜晨昏侍成吉思汗，耳闻目睹和熟悉他所有的律令。这些人都健在，我怎能继承汗位呢？”一言道出拖雷的对抗地位。
明争暗斗拖雷监国两年，也不会轻易交出大权。但史书中却载拖雷尽心尽力扶窝阔台登上汗位，此不与争斗的行为，得到人们的普遍赞扬。然事实绝非如此。只因当时术赤已死，拖雷一人无法与察合台、窝阔台争斗，势孤不能取胜。时间紧迫，拖雷也只好采取暂且退让的策略，转而支持窝阔台，使斗争真相被遮盖起来，并获得个好名声。
但窝阔台又怎能不心知肚明呢，在他登汗位不久，拖雷便不明不白死去了，窝阔台有没有动手脚，天知道。两个人的矛盾，转化为两派的斗争。拖雷未得推立，在术赤与拖雷两系产生了深刻不满，两系的后人始终认为，汗位应属拖雷，他们的斗争更明朗化。
没有明确的继承制度，各个儿子又手握重兵，各踞一方，成吉思汗无疑没有为后代留下一个明确的答案。元朝的短命，皇权争夺，子孙不团结，无疑是成吉思汗最不愿又不得不看到的局面。堪称有为的窝阔台史书上说窝阔台以庄严、聪明、能干、善断、谨慎、坚定、老成持重、宽宏大量、公正著称。
自评功过窝阔台对自己的功过有过一番评价，他曾说：“继承父亲大业后，我做了四件好事：第一，征服了金国，讨平了中原的百姓；第二，在各地设立驿站，沟通了东西南北的交通，便利了使臣往来和运输物品；第三，在干旱的地区掘井，使百姓获得丰美的水草；第四，在各城池派军队镇守，使百姓安居乐业。
“继承父亲的大业后，我也有对不起百姓的地方：第一，我嗜酒如命，整日沉湎于葡萄美酒；（后来果然死于酗酒。）第二，我曾强夺叔父斡惕赤斤部落的女子，愧对叔父；（史载：窝阔台曾命该部落七岁以上的姑娘和少妇4000人聚集一处，当着她们的父兄丈夫，列为两行，自选最美的纳入宫中，其次赏给诸臣，再次的交给妓院。挑剩的任凭在场的士卒蹂躏。）第三，暗害了功臣朵忽鲁。他曾为我父亲效力，我却杀了他，如今悔之莫及；第四，我贪图天地所生的野兽，为防野兽跑到兄弟的领地，立寨筑墙加以阻拦，招来兄弟的怨言，这也是我的过错。继承父亲汗位后我做了这四件好事，犯了这四大过错。”
窝阔台自述有四功四过，作为皇帝有这样的态度也算难能可贵了。但《元史·太宗纪》对他的评价却是“举无过事”，意思说他从来没干过坏事。这显然是封建史家的阿谀之词。金无足赤，人无完人，古今中外，岂有例外？
宽厚的一面当时蒙古人的习俗规定，在春天和夏天，任何人都不能在光天化日之下置身水中，不在河中洗手，不用金银器汲水，也不把湿衣服铺在草原上。因为他们认为这样会引来雷击。这不难理解，在科学还很落后的古代，草原上的电闪雷鸣的确是够吓人的。
有一次，窝阔台和二哥察合台一起外出打猎，看到一个人在池塘里洗澡。严守习俗的察合台要立刻杀了那人。窝阔台说：“现在没时间，我们已经很累了，让卫士今晚先把他看守起来，明天再审讯处死吧。”趁察合台不注意，他把一枚银币丢入池塘，私下关照那个违禁的人在审讯时说：我是一个穷人，我的钱掉到水里去了，我下水是想把它捞起来。第二天审讯时，那人就这样说了。派人到池塘去打捞，果真找到了银币。窝阔台说：“谁有胆量敢违反禁令呢？要知道这个不幸的人是为了这点小钱而冒险下水的啊。”于是那人在保证今后决不重犯后被宽恕了，窝阔台还赏了他十个银币。
从这件小事可以看出窝阔台确实比较开明，因此也颇得人心。愚蠢的国王以杀人来树立自己的威势，聪明的君主则反其道而行之。
慷慨的大汗成吉思汗生前对他几个儿子有过一番评价，他说：“想要精通礼俗、规矩、律法的人，就到察合台处去。追求勇敢、荣誉、武功的人，就去效力于拖雷。喜好慷慨大度和想发财致富的人可去亲近窝阔台。”史书上确实记载了不少窝阔台慷慨施舍的轶事。
有一次，窝阔台走过集市，小铺里的蜜枣散发出诱人的香味。他很想尝一尝，回到宫里就吩咐侍卫官去买那个小铺的蜜枣。侍卫买回一盘蜜枣，窝阔台一边品尝，一边问道：“付了多少钱？”侍卫道：“付了一两银子。”窝阔台说：“这么好吃的蜜枣，一两银子太少了。”侍卫说：“我所给的已经超过它们的价值十倍了。”窝阔台把他痛骂一顿说道：“在店主的一生中，什么时候他还能碰得上像我们这样的买主呢？”他命令侍卫立刻再送十倍的银子给店主。
有个穷人用羚羊角做了一只大杯子，坐在窝阔台的出行之处。当窝阔台走过来时，他站起来献上杯子。窝阔台收了下来，并吩咐侍从给他50两银子。一个极普通的杯子，居然要给这么重的赏金，侍从怀疑自己是否听错了，就又问了一下。窝阔台生气地说：“对你们说过多少次，不要回驳我的赏赐，也不要对穷人吝惜我的财富！如今我就要和你们作对，快给他一百两银子吧。”
中亚某国曾将一条用宝石镶嵌的金腰带献给窝阔台，他十分喜欢，平时经常佩带。有一次金腰带的扣子坏了，就把它交给工匠修理。工匠私下把腰带卖了，却总是推托还没修好。最后把他抓起来严加审讯，他才承认已卖钱花掉了。工匠被投入死牢，窝阔台知道真相后说：“虽然这也是一桩大罪，但做出这样的事来，正证明他极端穷困、无路可走，给他150两银子，让他重新做人，今后不许重犯。”工匠做梦也想不到居然因祸得福，自然是感激涕零，逢人便称颂大汗的宽宏大量。
一个贫穷的伊斯兰教徒向一个官员借了四两银子的债，但无力偿还。那个官员便把他抓去审问，威胁如三天之内不还清债，就要逼迫他改信基督教，并要把他脱光了在市场上打一百棍。穷人急中生智，跪在大汗的宫前告御状。窝阔台赏给他一百两银子，下令把债主抓来，把他的妻子和房屋判给穷人，还把债主脱光了在市场上打了一百棍。看热闹的穷人无不拍手叫好。
赢得身后名在财富和名声之间，窝阔台似乎更看重后者，他曾说：“热衷于聚财的人是缺乏理智的，钱财的好处有限，人无不死，纵然有金山银山，死后又有何益？人又不能从彼世回来，所以我们要把真正的宝藏保存在心中，把尘世的财富散发给臣民，使美名远扬。”
窝阔台确实是够慷慨的，不过对他这样的一国之主来说，这些赏金不过是九牛一毛。何况羊毛出在羊身上，国库里的钱财本来就是从百姓头上刮来的。出格的施舍毕竟起到了广告效应，为大汗买来了好名声。蒙古西征的继续成吉思汗的子孙继承了其骁勇善战的品质，又开始了新一轮的开疆拓土。
诸子分得领地第一次西征大胜以后，成吉思汗把占领地区作为“兀鲁思”（汗国封建领地），分封绐他三个儿子。
长子术赤封于钦察、花剌子模及康里国故地，（今成海以西，里海以北之地皆属之。）术赤比成吉思汗早死，这一封地归于其子拔都。
次子察合台封于西辽及畏兀故地，东起阿尔泰山，西至阿姆河，包括新疆天山南北路等地，后来称为察合台汗国。
三子窝阔台封于乃蛮故地，令鄂毕河上游以西至巴尔喀什湖以东一带均属之，后来被称为窝阔台汗国。依照蒙古惯例，在成吉思汗死后，幼子拖雷获得其父的直接领地，即斡难古代风景画鉴赏河及客鲁连河流域一带蒙古本部地方。